W analizie uwzględniane były: innowacyjność rynkowa, procesowa, skala i intensywność nakładów na badania i rozwój oraz ilość pozyskanych patentów, a także zdolność wszczepienia się w złożone sieci powiązań między nauką a praktyką, jakie istnieją w Europie, nowe użyte technologie, zastosowane rozwiązania informatyczne, nowatorskie rozwiązania rynkowe, nagrody, wyróżnienia, medale na wystawach krajowych i zagranicznych, certyfikaty.
Aspekty ilościowe badane były na podstawie informacji dostarczanych przez przedsiębiorstwa oraz danych statystycznych. W obszarach trudno mierzalnych i jakościowych włączone zostały oceny eksperckie oraz podejście dynamiczne, które uwzględniało ciągłość i porównywalność ocen innowacyjności z roku na rok i między przedsiębiorstwami. Prace zespołu realizacyjnego wspierali eksperci z przedsiębiorstw, którzy zgłosili gotowość współpracy przy ocenach innowacyjności.
Na skutek prowadzonych badań powstawał ranking 500 firm, w których udokumentowane zostały przejawy innowacyjności. Dzięki różnorodności czynników branych pod uwagę w ocenach, w rankingu mogły znaleźć się zarówno duże międzynarodowe koncerny, firmy z sektora MSP, jak i mikroprzedsiębiorstwa. Metodologia badań pozwalała na wyróżnienie zarówno firm z przemysłów tradycyjnych o wysokich nakładach na badania i rozwój, jak i firm wyróżniających się na rynku innowacyjnymi procesami produkcji, systemami zarządzania czy też nowatorskimi rozwiązaniami rynkowymi.